Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική

Εφαρμογή αλγορίθμων συμβολοσειρών σε βιολογικά δεδομένα: ακριβές και προσεγγιστικό ταίριασμα προτύπων (KMP, Boyer–Moore, Aho–Corasick, Shift-Or), suffix trees, στοίχιση ακολουθιών, βάσεις δεδομένων (FASTA, BLAST), φυλογενετικά δέντρα, τεχνικές αλληλούχισης γονιδιώματος και σχεδιασμός φαρμάκων με υπολογιστή. Στην πράξη είναι «αλγόριθμοι σε strings» με βιολογικό περιτύλιγμα, θεωρητικό μάθημα χωρίς κώδικα. Η αξιολόγηση γίνεται με δύο υποχρεωτικά projects και προφορική εξέταση, χωρίς τελική γραπτή.

Θέματα Τι λένε οι φοιτητές Περίγραμμα ⬇ Κατέβασε για AI

Με μια ματιά

Κωδικός	CEID_NE548 (αναφέρεται και ως NE548 / ΝΕ548)
Εξάμηνο / τύπος	Εαρινό, επιλογής Κατάλογος
ECTS	5 Κατάλογος
Ώρες / εβδομάδα	2 θεωρία + 1 φροντιστήριο + 2 εργαστήριο Κατάλογος
Τομέας	ΛΥ Κατάλογος
Διδάσκοντες 2025-26	Χρ. Μακρής, Β. Μεγαλοοικονόμου Κατάλογος
Αξιολόγηση (περίγραμμα)	30% συλλογή ασκήσεων + 70% εργασία (1–2 άτομα) και προφορική εξέταση Περίγραμμα
Τελική γραπτή εξέταση	Δεν προβλέπεται· η εξέταση είναι προφορική Discord 2026-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο)

Τι θα μάθεις

Το επίσημο περίγραμμα περιγράφει αλγορίθμους διαχείρισης συμβολοσειρών και ακολουθιών βιολογικών δεδομένων Περίγραμμα:

• Ακριβές ταίριασμα προτύπων (Boyer–Moore, Knuth–Morris–Pratt, Karp–Rabin) και ταίριασμα πολλαπλών προτύπων (Aho–Corasick).
• Δέντρα επιθεμάτων (suffix trees) και εφαρμογές τους.
• Προσεγγιστικό ταίριασμα προτύπων και στοίχιση συμβολοσειρών/ακολουθιών (sequence alignment).
• Βάσεις δεδομένων ακολουθιών και εύρεση σε αυτές (FASTA, BLAST, PAM, PROSITE, BLOCKS, BLOSUM).
• Σχεδιασμός φαρμάκων με υπολογιστή (structure-based drug design, σχέση δομής–δραστικότητας, αναπαράσταση μορίων, conformational search, binding sites).
• Κατηγοριοποίηση και ομαδοποίηση βιολογικών δεδομένων (νευρωνικά δίκτυα, γενετικοί αλγόριθμοι, SVMs, k-means/CLARA).
• Φυλογενετικά δέντρα, αλγόριθμοι αλληλούχισης γονιδιώματος και Next Generation Sequencing.

Οι διαφάνειες ακολουθούν την ίδια δομή σε ενότητες: εισαγωγή στη βιολογία, ακριβές ταίριασμα, suffix trees, στοίχιση, κατηγοριοποίηση, σχεδιασμός φαρμάκων, προσεγγιστικά ταιριάσματα, suffix arrays/συμπίεση, data mining eClass (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).

Πώς βαθμολογείται

• Το επίσημο περίγραμμα ορίζει 30% από συλλογή ασκήσεων επεξεργασίας συμβολοσειρών και 70% από εργασία ομάδων 1–2 ατόμων (κριτική παρουσίαση και ανάλυση επιστημονικών εργασιών) μαζί με προφορική εξέταση στις σημειώσεις Κατάλογος · Περίγραμμα.
• Κατά φοιτητές (2025), το μάθημα έχει δύο υποχρεωτικά projects, 30% το καθένα, και το υπόλοιπο 40% προκύπτει από πέντε ερωτήσεις στην προφορική εξέταση Discord 2025-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Κατά φοιτητή (2025), «θεωρητικά μπορείς να περάσεις το μάθημα και χωρίς την προφορική» αν τα projects είναι άριστα Discord 2025-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Δεν υπάρχει τελική γραπτή εξέταση· η εξέταση είναι προφορική πάνω στα projects και στη θεωρία Discord 2026-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2026-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Στην προφορική ο διδάσκων ρωτά την ομάδα μία ερώτηση («απαντά όποιος θέλει») ή κάθε μέλος πέντε–έξι ερωτήσεις Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Οι βαθμοί ανακοινώνονται στο Progress (π.χ. Ιούλιος 2024, Ιούλιος 2026) Discord 2024-07 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2026-07 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).

Εργασίες & εργαστήρια

• Δύο υποχρεωτικά projects: το πρώτο είναι σύνολο ασκήσεων, το δεύτερο βιβλιογραφική εργασία/παρουσίαση Discord 2022-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2023-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Δεν επιλέγεις ένα από τα δύο (σε αντίθεση με άλλα μαθήματα επιλογής)· παραδίδεις και τα δύο Discord 2022-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2026-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Οι ομάδες είναι 1–2 ατόμων Discord 2025-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Πρώτη εργασία 2025-26: first_project_2025_2026_19_3_2026.pdf (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) — περιλαμβάνει βήματα όπως Data Collection με BLAST και υπολογισμό πίνακα δυναμικού προγραμματισμού eClass (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Κατά φοιτητή (2026-03), η προθεσμία είναι περίπου τρεις ημέρες πριν την εξέταση του Ιουνίου Discord 2026-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Κατά φοιτητές, τα projects είναι πλήρη και καλοφτιαγμένα· η παρουσίασή τους γίνεται γρήγορα, χωρίς πολλά σχόλια Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Ο κατάλογος δίνει 2 ώρες εργαστηρίου την εβδομάδα Κατάλογος· δεν βρέθηκαν πληροφορίες για το περιεχόμενο ή τη βαθμολόγηση του εργαστηρίου.

Εξετάσεις

Συνοπτικά, με τα δεδομένα του Εξετάσεις και των ανακλήσεων:

• Δεν υπάρχει γραπτή εξέταση· η εξέταση είναι προφορική στα projects και στη θεωρία του μαθήματος Discord 2026-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Επαναλαμβανόμενες ερωτήσεις θεωρίας: KMP, Boyer–Moore, Aho–Corasick, Shift-Or, 4 Russian / real-time KMP, suffix trees, FASTA, BLAST, διαφορά ολικής και τοπικής στοίχισης, τύποι κατασκευής φυλογενετικών δέντρων, βήματα σχεδιασμού φαρμάκων Discord 2023-07 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2026-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Το 2025 φοιτητής αναφέρει περίπου πέντε θεωρητικές ερωτήσεις και ότι σε ομάδα ενός ατόμου ο εξεταστής είναι πιο επιεικής Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Για τα projects, τα παρουσιάζεις συνοπτικά (προαιρετικά PowerPoint) και απαντάς σε ερωτήσεις για το πώς λειτουργεί η υλοποίησή σου Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Υπάρχει μία μεταγεγραμμένη συνεδρία (Ιούνιος 2021, μερική): φωτογραφία χειρόγραφης λίστας ερωτήσεων θεωρίας (DNA/RNA/γονίδιο/γονιδίωμα, γενετικός κώδικας, τομείς έρευνας), με λύσεις ai-unverified Εξετάσεις 2021-06.

Δυσκολίες & παγίδες

• Κατά φοιτητές, το μάθημα είναι εύκολο αν σου αρέσει η βιολογία· αλλιώς απαιτεί διάβασμα Discord 2025-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2023-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Η εξέταση περιγράφεται από φοιτητές ως «χαλαρή» / «πολύ εύκολη» (γνώμη, όχι στατιστικό) Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), Discord 2026-09 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Παγίδα: πρέπει να παραδώσεις και τα δύο projects, όχι ένα (διαφέρει από την Ανάκτηση Πληροφορίας) Discord 2022-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Παγίδα: αν δεν έχεις παραδώσει τα projects, δεν μπορείς να εξεταστείς στην τρέχουσα περίοδο· η εξέταση του Σεπτεμβρίου αφορά όλο το μάθημα Discord 2026-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Στην ερώτηση για τη διαφορά ολικής και τοπικής στοίχισης πρόσεξε και τον τρόπο υπολογισμού της καθεμιάς, όχι μόνο τη θεωρία (κατά φοιτητή) Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Υπάρχουν διαφάνειες σε τρεις διαφορετικούς φακέλους· χρειάζεται να ξεχωρίσεις ποιες αφορούν τη θεωρία Discord 2026-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Κατά φοιτητές, τα projects θέλουν χρόνο και διάβασμα, και αν τα κάνεις καλά «είσαι κομπλέ» στην εξέταση Discord 2024-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).

Υλικό & τρόπος μελέτης

• Διαφάνειες θεωρίας σε εννέα ενότητες: Ενότητα 1 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 2 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 3 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 4 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 5 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 6 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 7 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 8 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο), 9 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) eClass (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Οι διαφάνειες υπάρχουν σε φακέλους 2024-2025 και 2025-2026, μαζί με τις παρουσιάσεις κ. Μεγαλοοικονόμου (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) και τις διαφάνειες φροντιστηρίου (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) eClass (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Πρόγραμμα εξέτασης (Σεπτέμβριος 2026): bio_schedule_sep_2026.pdf (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) — «στο γραφείο του κ. Μακρή».
• Παλιά projects: first_project_2020_2021.pdf (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) και second_project_2020_2021.pdf (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Σημειώσεις φοιτητών (ανεπίσημες): Bioinfo.pdf (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) (2024, από τις διαφάνειες) και b4e548bc23a28d44.pdf (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) (2026, «συνοπτικές σημειώσεις της πιο sos θεωρίας») Discord 2026-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Διδακτικό υλικό Περδικούρη / Τσακαλίδη: Ενότητα 1 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο) eClass (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Βιβλιογραφία του περιγράμματος: Κοσσιδά, Jones & Pevzner, Lesk, Pevsner, Baxevanis & Ouellette, Compeau & Pevzner Περίγραμμα.
• Παλιά θέματα και ανακλήσεις: Εξετάσεις, discord_recalls.

Συχνές ερωτήσεις

• Έχει τελική γραπτή εξέταση; Όχι· η εξέταση είναι προφορική στα projects και στη θεωρία Discord 2026-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Πόσα projects και πόσο μετράνε; Δύο υποχρεωτικά· κατά φοιτητές 30% + 30% + 40% προφορική Discord 2025-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Είναι ομαδικές οι εργασίες; Ναι, ομάδες 1–2 ατόμων Discord 2025-03 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Είναι δύσκολο; Κατά φοιτητές, εύκολο αν σου αρέσει η βιολογία Discord 2025-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Τι ρωτάει συνήθως; KMP, Boyer–Moore, suffix trees, FASTA, BLAST, ολική/τοπική στοίχιση, φυλογενετικά δέντρα Discord 2025-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Μπορώ να τα παραδώσω Σεπτέμβρη; Ναι, αλλά τότε εξετάζεσαι σε όλο το μάθημα Discord 2026-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Πού βγαίνουν οι βαθμοί; Στο Progress Discord 2026-07 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Από τι διαβάζουμε; Κυρίως από τις διαφάνειες· υπάρχουν και σημειώσεις φοιτητών, ανεπίσημες Discord 2026-06 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).

Πηγές & αξιοπιστία

• Κατάλογος 2025-26: ECTS 5, τομέας ΛΥ, 2+1+2 ώρες, διδάσκοντες Μακρής/Μεγαλοοικονόμου.
• Επίσημο περίγραμμα (PDF, ανέβηκε 2024-07): δίνει αξιολόγηση 30%/70%, που διαφέρει από τα ποσοστά που αναφέρουν φοιτητές (30%/30%/40%). Το περίγραμμα υπερισχύει, αλλά τα ποσοστά των φοιτητών είναι πιο πρόσφατα Discord 2025-02 (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Discord: 451 μηνύματα σε 12 περιόδους (2020-09 έως 2026-09), με πολλά από το 2020-21. Οι αναφορές για βαθμολόγηση και δυσκολία είναι ανεπίσημες γνώμες φοιτητών.
• eClass: 77 αρχεία (όλα PDF με κείμενο), διαφάνειες εννέα ενοτήτων, πρώτη εργασία 2025-26, πρόγραμμα εξέτασης eClass (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο).
• Εξετάσεις: μία μερική μεταγραφή (Ιούνιος 2021, εκτιμώμενη ημερομηνία), χωρίς επίσημες λύσεις· λείπουν παλιότερα θέματα Εξετάσεις.

Αρχεία του φακέλου

Παράγεται αυτόματα από tools/render_readmes.py — αλλαγές εδώ χάνονται στην επόμενη εκτέλεση.

Φάκελος	Περιεχόμενο
discord/ (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο)	12 περίοδοι συζητήσεων Discord · 451 μηνύματα
Previous Exams/	1 συνεδρίες εξετάσεων · 1 με αρχείο λύσεων · 1 πρωτότυπα αρχεία (1 εικόνες) · 1 μεταγραφές · ανακλήσεις από Discord
eclass/ (διαθέσιμο στο πλήρες πακέτο)	77 αρχεία · 77 κείμενα (sidecar)
other/	20 αρχεία (11 εικόνες) · 6 κείμενα (sidecar)